Pada awal permulaan pembukaan Hospital Kota Tinggi iaitu pada tahun 1913, hospital ini hanya mempunyai 3 wad yang menempatkan 60 buah katil untuk merawat pesakit. Kemudian proses pembaikan dan pengubahsuaian hospital dilakukan secara berterusan pada tahun 1976 hingga 1995 untuk memenuhi keselesaan pesakit yang dirawat di hospital ini.
Pada tahun 2002, unit Hemodialisis telah ditubuhkan dengan mempunyai empat buah mesin hemodialisis dan ditambah dua mesin lagi pada tahun 2006 untuk memberikan rawatan kepada pesakit buah pinggang yang semakin bertambah di daerah Kota Tinggi.
Tahun 2004, bangunan baru 4 tingkat siap dibina bagi menempatkan wad bersalin, wad O&G, wad kanak-kanak (Wad Kenanga), wad kelas dua lelaki (Wad Tanjung Lelaki) dan wad kelas dua perempuan (Wad Tanjung Perempuan). Dan sehingga kini Hospital Kota Tinggi mempunyai 6 buah wad yang menempatkan 158 katil.
Daerah Kota Tinggi merupakan salah sebuah daerah di Negeri Johor yang mempunyai keluasan tanah seluas 3,500 km persegi yang terdiri daripada 10 buah mukim, 20 buah felda, 4 buah felcra, 26 buah kampong, 117 buah kampong rangkaian dan 6 buah kampong orang asli. Ia mempunyai kepadatan penduduk lebih kurang 221,716 orang (tahun 1993).
Sehubungan itu, pihak kerajaan telah menyediakan 1 hospital (Hospital Kota Tinggi), 13 klinik kesihatan, 31 klinik desa dan 20 klinik kesihatan untuk kemudahan kesihatan bagi penduduk daerah Kota Tinggi.
Hospital Kota Tinggi memberikan khidmat perubatan kepada penduduk-penduduk kawasan Bandar dan luar Bandar (felda-felda, estet-estet & kampung-kampung) di daerah Kota Tinggi serta menerima kes-kes dari kawasan Tenggaroh, Mersing dan kawasan Ulu Tiram, Johor Bahru
Hospital Kota Tinggi merupakan sebuah hospital daerah tanpa pakar yang dibina oleh kerajaan untuk memberikan khidmat perubatan kepada penduduk-penduduk di daerah Kota Tinggi. Ianya terletak 1 Kilometer dari Bandar Kota Tinggi. Manakala kes kes rujukan akan dihantar ke Hospital Sultan Ismail (HSI) atau Hospital Sultanah Aminah (HSA).
