Hospital Pontian terletak di Bandar Pontian Kechil bersempadan dengan pekan Pontian Besar. Kedudukan Hospital Pontian adalah di sebelah kiri Jalan Alsagoff jika dari arah Batu Pahat dan di sebelah kanan jika dari arah Johor Bahru. Bersebelahan dengan hospital pontian adalah Pejabat Kesihatan Daerah Pontian. Di hadapan bangunan Hospital Pontian juga terdapat Klinik Kesihatan Daerah Pontian.
JARINGAN PERUBATAN ANTARA HOSPITAL
Sebagai sebuah Hospital Tanpa Pakar, Hospital Pontian lazim merujuk pesakit pesakit yang memerlukan rawatan kepakaran lanjut ke Hospital Sultanah Aminah, Hospital Sultan Ismail, Hospital Permai dan Hospital Kuala Lumpur. Hospital Pontian diklusterkan bersama Hospital Kulai dan Hospital Sultanah Aminah Johor Bharu melalui jaringan Kluster Johor Selatan.
JARINGAN PERUBATAN ANTARA KESIHATAN AWAM
Hospital Pontian menerima rujukan daripada :-
1 Pejabat Kesihatan Daerah
1 Klinik Pergigian daerah
1 KK3 sebuah klinik yang mengendalikan Pesakit Luar & Klinik Kesihatan Ibu Dan Anak
8 buah Klinik Kesihatan/ 33 buah Klinik Desa /1 Klinik 1 Malaysia/
6 Unit Haemodialisis Swasta
Beberapa Klinik –klinik Swasta